江戸幕府は島原の乱後にキリシタンの捜索、摘発、強制改宗をさせる宗門改を制度化し、専任の宗門改役を設置します。当初は大目付を務めていた旗本が任じられ、後に作事奉行を務めていた旗本も任じられます。これらの事例から、宗門改役には大目付と作事奉行から各1名が加役として任じられるようになります。『武鑑』には「宗門御改」として記載があり、「大御目付ヨリ一人、御作事奉行より一人兼役」と注記が確認できます。下記に『柳営補任』の記載から推定した幕末期（嘉永～慶応）の就任者を列挙します。
大目付からの加役
堀利堅（弘化4年4月10日～安政3年6月29日）
跡部良弼（安政3年7月13日～安政3年11月18日）
井戸覚弘（安政3年11月18日～安政5年1月27日）
土岐頼旨（安政5年2月2日～安政5年3月5日）
遠山則訓（安政5年3月5日～安政5年5月12日）
田村顕彰（安政5年5月12日～安政5年8月6日）
伊沢政義（安政5年10月16日～文久3年9月10日）
溝口直清（文久3年10月1日～元治元年5月26日）
神保長興（元治元年5月30日～元治元年6月23日）
永井尚志（元治元年6月23日～慶応元年5月6日）
作事奉行からの加役
篠山景徳（弘化3年12月～嘉永5年12月27日）
田村顕彰（嘉永5年12月28日～嘉永6年10月8日）
遠山則訓（嘉永6年10月13日～安政4年2月24日）
中川忠潔（安政4年3月2日～安政4年11月6日）
大沢乗哲（安政5年1月13日～安政5年11月30日）
岩瀬忠震（安政5年12月20日～安政6年8月27日）
関行篤（安政6年9月18日～安政6年11月4日）
松本穀実（安政6年11月6日～文久2年7月5日）
有馬則篤（文久2年10月20日～文久2年12月11日）